El Instituto Geográfico Nacional nace el 25 de Julio de 1932 con los primeros trabajos para determinar y demarcar los límites territoriales con las vecinas Repúblicas de Honduras y el Salvador, como una Comisión técnica Binacional bajo la dirección del Ing. Lisandro Sandoval.

En el año de 1,935, se iniciaron también los trabajos para delimitar las fronteras entre Guatemala y el Salvador, estando a cargo de Asuntos Limítrofes del Ministerio de Relaciones Exteriores.

El Departamento de Mapas y Cartografía, se transforma en la Dirección de Cartografía. Ampliando luego su misión y cobertura también hacia el desarrollo de mapas temáticos. Al irse consolidando las operaciones de mapeo, comienza a diversificarse las operaciones de la Dirección, lo que conduce a crear el INSTITUTO GEOGRAFICO NACIONAL el 8 de Diciembre de 1,964.

El 28 de Diciembre por Acuerdo Gubernativo No. 526-82, se fusiona el Instituto Geográfico Nacional con el Servicio de Cartografía del Ejército, en una sola dependencia del Ministerio de la Defensa Nacional, con carácter de Instituto Geográfico Militar. Por Decreto número 72-90, Ley Orgánica del Ejército de Guatemala, artículo 152 deroga las disposiciones por medio de las cuales se fusionan el antiguo Instituto Geográfico Militar.

A partir del 1 de enero de 1998 pasa nuevamente a ser una dependencia del Ministerio de Comunicaciones y Obras Públicas, por Acuerdo Gubernativo No. 861-97, retomando su denominación anterior de Instituto Geográfico Nacional, “Ing. Alfredo Obiols Gómez”.

El Reglamento interno del IGN, fue aprobado mediante al Acuerdo Gubernativo 114-99 de fecha 24 de Febrero de 1,999. En donde se establece la naturaleza de la institución de carácter técnico-científico, rector y proveedor de productos y servicios, que elabora y garantiza la información geográfica nacional oficial a los usuarios.

El 12 de septiembre del 2006 pasa a formar parte del Ministerio de Agricultura Ganadería y Alimentación –MAGA- , como dependencia centralizada, según Acuerdo Gubernativo No. 474-2006. Posteriormente, por Acuerdo Gubernativo No. 338-2010 del 19 de Noviembre del 2,010, Reglamento Orgánico Interno del Ministerio de Agricultura de Ganadería y Alimentación–MAGA-, pasa a ser un órgano de consulta del mismo.

Promover, coordinar y apoyar la investigación científica que se realice en Guatemala, relacionada con las actividades propias del IGN.

Conformar, administrar y actualizar el Sistema de Información Nacional.

Proveer información geográfica y cartográfica confiable para la investigación, planificación, monitoreo, para el desarrollo del país a nivel público y privado.